Enter RefSeq accession numbers and/or genomic positions up to 40 entries,
separated by commas, whitespaces and/or new lines. PCR produt size range. The minimum PCR product size differences between any PCR products.

PrimerStation multiplex PCR primer design site. [English]

PCR ターゲット
PCRターゲットのRefSeq遺伝子番号/染色体上の位置を入力。(ターゲット数の上限は40)

[help]

Design options [help]

PCR産物長:	from bp to bp
PCR産物間の最小サイズ差:	bp
塩濃度:	mM
プライマ濃度:	uM

既知のSNP上を避ける
二次構造を含む配列を避ける (非常に遅い)	dG閾値=
(A)nリピートを含むPCR産物を避ける	n=
(CA)nリピートを含むPCR産物を避ける	n=

PrimerStationについて

PrimerStationは全ヒトゲノムに対して非常に高い特異性を持つ最適なプライマセットを計算するウェブサービスです。

本設計方法では高い精度を出すためにプライマの溶液中での会合率を用いました。DNA配列間のハイブリダイゼーション状態を会合率で厳格に計算するのは非常に計算時間がかかるため、これまでこのような物理化学モデルで計算し全ヒトゲノムに対してチェックをするような非常に特異的なプライマセットを表示するようなウェブサービスはありませんでした。

PrimerStationでは応答時間を短くするためにあらかじめ特異的なプライマの候補を100CPUの大規模な並列計算機(SunFire 15K)を用いて二ヶ月かけて計算しました。これによりPrimerStationは適格なプライマをインタラクティブに検索し出力することができます。

PrimerStationはプライマの交差反応を最小限にするような最適な温度範囲を求めることでマルチプレックスPCRに適した非常に特異的なプライマを選択することができます。またユーザはプライマ中のSNPをのぞくことやPCR産物中のAやCAのリピートを避けるといった経験則をプライマ設計に追加することができます。

私たちは無作為に選んだChrX上のターゲットに設計したプライマでPCR増幅を行い検証し、これらのプライマが目的のPCR産物を完璧に増幅していることを確認しました。この詳細は別途報告します。私たちはPrimerStationが多くの生物研究者と医学研究者の役に立つと考えています。

Publications

PrimerStation: a highly specific multiplex genomic PCR primer design server for the human genome. Tomoyuki Yamada, Haruhiko Soma, and Shinichi Morishita (2006). Nucleic Acids Res., 34(Web Server Issue): W665 - W669.

利用方針

PrimerStationへの全てのアクセスは記録され、アクセス、入力パターン、ヘビーユーザの統計を取るのに使用されます。ユーザによって提供された情報はPrimerStationの機能を強化するために使用されます。未解決のIPアドレスまたはプロクシサーバーからのアクセスは拒否することがあります。

謝辞

本研究は文部科学省科研費特定領域研究 (C)と文部科学省リーディングプロジェクト「細胞・生体機能シミュレーションプロジェクト」の援助を受け、ソニー株式会社との共同研究により行ったものです。本研究のコンピューター計算時間は東京大学医科学研究所ヒトゲノムセンターのスーパーコンピュータシステムにより提供されました。